Expertná komisia je nezávislý poradný a zároveň odporúčací orgán prítomný počas celej implementácie projektu. Tvorí ju skupina expertov, odborníkov na špecifické témy súvisiace s projektovými zámermi a cieľmi. Podlieha vlastnému štatútu a pravidlám. Má stálych členov, na špecifické úlohy si môže prizývať ďalších odborníkov. Spolupracuje na strategickom zameraní jednotlivých častí, komponentov programu, posudzuje projekty a projektové zámery jednotlivých grantových kôl, zhodnocuje jednotlivé programové priority. Funguje nezávisle a transparentne.